Como aplicar essa diferença?
Clique no botão Verificar Diferença de Valores 
.
Abrirá a seguinte janela:
Legenda Vermelha – Valor com diferença.
Legenda Verde – Valor Sem Diferença.
- Selecione o item.
- Selecione os valores que estão com a diferença e clique no botão Aplicar Diferenças
.
Pronto.
Gerenciador de NF-e: Como Aplicar Diferença de Valores